Nakalikom ang Basecamp Research ng $140 milyon para palawakin ang mga biyolohikal na modelo ng EDEN at isulong ang pipeline ng therapy tungo sa klinikal na pagbuo. Ayon sa kumpanya, nagbibigay ang pagmamay-ari nitong kalipunan ng datos mula sa mga sampol pangkapaligiran ng impormasyong biyolohikal na wala sa mga pampublikong database ng sequence.
Kabilang sa ebidensiya nito ang mga eksperimento sa laboratoryong pinangasiwaan ng kumpanya at isang hiwalay na iniulat na pag-aaral sa daga. Nasa yugto pa ng pananaliksik at pag-optimize ng lead ang isiniwalat na pipeline ng therapy.
Ang malaking pagbabago
- Ano ang nagbago: Pinag-isa ng isang kompanyang gumagawa ng biyolohikal na modelo ang pangangalap ng sampol sa iba’t ibang lugar, kontekstong genomiko at pagsasanay ng modelo sa iisang pribadong supply chain ng datos, at saka sinubukan sa wet lab ang mga nalikhang protina.
- Bakit ito mahalaga: Lumilikha ang datos ng pagsasanay ng ugnayang pangkomersiyo sa mga tagapagbigay ng biodiversity bago pa makarating sa pasyente ang isang gamot. Ayon sa Basecamp, nagkakabisa ang mga kasunduan nito ng royalty kapag ginamit ang datos, kaya maaaring bayaran ang mga katuwang sa pangangalap habang binubuo ang modelo.
- Ano ang dapat bantayan: Tingnan kung mauuwi sa pag-usad sa yugto ng pagbuo ang mga resultang malayang naulit, at kung magdudulot ang mas malawak na paggamit ng modelo ng mas malaking bayad sa mga katuwang sa pangangalap. Magkahiwalay na pagsubok ang mga ito para sa pag-usad ng therapy at negosyo sa datos.
Nagdaragdag ng konteksto at sequence ang BaseData
Mahalaga ang mga pampublikong repository, ngunit ipinakikita lamang ng mga ito kung ano ang pinili ng mga mananaliksik na i-sequence. Sinasabi sa preprint ng BaseData ng Basecamp na nagmula sa limang species ang 68% ng dami ng sequence sa Sequence Read Archive. Iniulat ng kumpanya na noong huling bahagi ng 2024, mayroon itong 9.8 bilyong bagong gene at mahigit isang milyong species na wala sa mga database na pinaghambingan; nakalap ang mga ito sa pamamagitan ng pakikipagtulungan sa 26 na bansa at awtonomong rehiyon.
Pinananatili rin ng Basecamp ang mga kalapit na gene, kondisyon ng lugar at pinagmulan ng pangangalap, kaya nabibigyan ang mga modelo ng impormasyon tungkol sa kontekstong biyolohikal. Iniulat nitong nakapagbayad ito sa 52 benepisyaryo sa 19 na bansa sa pagtatapos ng 2024.
Pag-aari ng kumpanya ang BaseData. Lumaki pa ang corpus ng pagsasanay ng EDEN lampas sa larawan noong huling bahagi ng 2024: mahigit 10 bilyong gene ang iniulat sa preprint nito. Mga preprint na pinangunahan ng kumpanya ang dalawang papel.
Umuusad din ang pampublikong datos. Pinagsama ng Dayhoff Atlas ng Microsoft ang mga genomiko at metagenomikong mapagkukunan sa isang bukas na set na may 3.34 bilyong sequence ng protina. Sa kontroladong paghahambing, naipahayag sa E. coli ang 34.5% ng mga nalikhang protina ng modelong may 170 milyong parameter na sinanay sa mas malawak na set na iyon, kumpara sa 27.6% ng bersiyong sinanay sa UniRef90. Hiwalay na eksperimento ito sa dataset, hindi pagsubok sa mga modelo ng Basecamp.
Ano talaga ang naipakita ng EDEN
Kabilang sa preprint ng EDEN ang mga eksperimentong isinagawa nang maaga at pasulong, ngunit makitid na tanong lang ang sinasagot ng bawat resulta.
Eksperimento | Iniulat na resulta | Saklaw |
|---|---|---|
Mga antimicrobial peptide | Pinigil ng 32 sa 33 piling peptide ang paglaki ng bakterya sa konsentrasyong hanggang 64 micromolar. | Piling hanay sa laboratoryo; hindi rate ng tagumpay ng lahat ng output ang 97%. |
Mga protinang nagpapasok ng gene | Nagpakita ng malaking aktibidad ang 53.6% ng 176 na piling recombinase. | Pagsuring biyokemikal na walang selula, gamit ang mga prompt mula sa siyam na likas na protina. |
Mga pangunahing selulang T ng tao | Nagpasok ang sampu sa 20 piling recombinase na batay sa PRT075 ng payload na CD19 CAR nang higit sa kontrol na walang laman na karga. | Mga selulang mula sa donor; kailangan pang siyasatin ang pagiging tiyak. |
Pag-aaral sa daga | Ayon sa ulat ng Basecamp, umabot sa aktibidad na katumbas ng isang antibiyotiko bilang panghuling opsiyon ang isang peptide nang hindi dumaan sa paulit-ulit na pag-optimize. | Hiwalay na salaysay ng kumpanya tungkol sa eksperimento sa hayop. |
Kailangan pa sa gawain tungkol sa peptide ang mga pag-aaral sa katatagan, toxicity at pharmacokinetics. Hindi pinatutunayan ng mga eksperimentong ito ang klinikal na kaligtasan o bisa.
Malayo pa ang klinikal na aplikasyon
Pinahihintulutan ng kasalukuyang connector ng kumpanya ang paggamit ng EDEN ng mga mananaliksik para lumikha ng antimicrobial peptide at magtakda ng prayoridad sa mga target ng bakuna. Nakasaad na para sa pananaliksik ang tool.
Sa buong ulat ng The Decoder, napag-alamang wala sa anim na isiniwalat na programa ng Basecamp ang nakalampas sa yugto ng pag-optimize ng lead pagsapit ng Setyembre 2026. Nasa yugtong iyon ang apat na programa, kabilang ang mga CAR-T program sa loob ng katawan, gene therapy para sa atay at mga antimicrobial peptide; nasa pananaliksik pa ang dalawa.
Sinasabi sa anunsiyo ng pagpopondo ng Basecamp na gagamitin ang bagong puhunan para suportahan ang susunod na henerasyon ng EDEN at isulong ang pipeline nito tungo sa klinikal na pagbuo, simula sa cell therapy sa loob ng katawan. Walang pag-aaral para sa sponsor na “Basecamp Research” sa resulta ng paghahanap sa ClinicalTrials.gov noong Setyembre 23; hindi nangangahulugang lilitaw dito ang mga pag-aaral na nakarehistro sa ibang sponsor.
