EDEN-এর biological model বাড়াতে এবং চিকিৎসা-উন্নয়নের pipeline-কে clinical development-এর দিকে নিতে Basecamp Research $140 মিলিয়ন তহবিল সংগ্রহ করেছে। কোম্পানির দাবি, পরিবেশ থেকে নমুনা সংগ্রহ করে তৈরি proprietary তথ্যসমষ্টি তাদের model-কে এমন জৈবিক তথ্য দেয়, যা public sequence database-এ নেই।

তাদের প্রমাণের মধ্যে কোম্পানির নেতৃত্বে করা গবেষণাগারের পরীক্ষা এবং আলাদাভাবে প্রকাশিত একটি mouse study আছে। ঘোষিত চিকিৎসা-উন্নয়ন pipeline এখনও research ও lead optimization পর্যায়ে।

বড় পরিবর্তন

  • কী বদলেছে: biological model তৈরির একটি কোম্পানি মাঠপর্যায়ে নমুনা সংগ্রহ, জিনোমের প্রেক্ষাপট এবং model training-কে একই proprietary তথ্য সরবরাহ-শৃঙ্খলে যুক্ত করেছে; পরে তৈরি protein নিয়ে wet-lab পরীক্ষা করেছে।
  • কেন গুরুত্বপূর্ণ: ওষুধ রোগীর কাছে পৌঁছানোর আগেই training data জীববৈচিত্র্য-সংক্রান্ত তথ্য সরবরাহকারী অংশীদারদের সঙ্গে বাণিজ্যিক সম্পর্ক তৈরি করে। Basecamp বলেছে, তাদের চুক্তিতে data ব্যবহারের সময় royalty দেওয়ার শর্ত আছে; ফলে model তৈরির সময়েই নমুনা সংগ্রহে অংশীদারেরা অর্থ পেতে পারেন।
  • কী লক্ষ করবেন: স্বাধীনভাবে পুনরুৎপাদিত ফল উন্নয়নের পরের ধাপে পৌঁছায় কি না, এবং model-এর ব্যবহার বাড়লে নমুনা সংগ্রহে অংশীদারদের অর্থপ্রদানও বাড়ে কি না—দেখুন। এগুলো চিকিৎসার অগ্রগতি ও data-ব্যবসার আলাদা পরীক্ষা।

BaseData-তে অনুক্রমের পাশাপাশি প্রেক্ষাপটও আছে

public repository অপরিহার্য, তবে গবেষকেরা কোন অনুক্রম বেছে নেবেন, তা-ও সেখানে প্রতিফলিত হয়। Basecamp-এর BaseData preprint বলছে, Sequence Read Archive-এ থাকা অনুক্রমের ৬৮% এসেছিল পাঁচটি species থেকে। ২০২৪ সালের শেষ নাগাদ কোম্পানি জানিয়েছিল, তুলনায় ব্যবহৃত database-গুলোতে নেই এমন ৯.৮ বিলিয়ন novel gene এবং ১০ লক্ষের বেশি species তারা পেয়েছে; ২৬টি দেশ ও স্বায়ত্তশাসিত অঞ্চলের অংশীদারদের মাধ্যমে সেগুলো সংগ্রহ করা হয়।

Basecamp পাশাপাশি থাকা gene, নমুনাস্থলের পরিবেশ এবং সংগ্রহের উৎস-তথ্যও সংরক্ষণ করে; এতে model-কে জৈবিক প্রেক্ষাপট জানা যায়। ২০২৪ সালের শেষ নাগাদ ১৯টি দেশের ৫২ জন সুবিধাভোগীকে অর্থ দেওয়ার কথা তারা জানিয়েছে।

BaseData একটি মালিকানাধীন তথ্যভান্ডার। EDEN-এর training corpus ২০২৪ সালের শেষের ওই snapshot-এর পর আরও বেড়েছে: preprint-এ ১০ বিলিয়নের বেশি gene-এর কথা বলা হয়েছে। দুই গবেষণাপত্রই কোম্পানির নেতৃত্বে তৈরি preprint।

public data-ও এগোচ্ছে। Microsoft-এর Dayhoff Atlas জিনোম ও metagenome-এর উৎস মিলিয়ে ৩.৩৪ বিলিয়ন protein sequence-এর একটি উন্মুক্ত set তৈরি করেছে। নিয়ন্ত্রিত তুলনায়, বড় ওই set-এ প্রশিক্ষিত ১৭০ মিলিয়ন parameter-এর model দিয়ে তৈরি protein-এর ৩৪.৫% E. coli-তে প্রকাশিত হয়েছিল; UniRef90-তে প্রশিক্ষিত সংস্করণে এই হার ছিল ২৭.৬%। এটি আলাদা dataset নিয়ে পরীক্ষা, Basecamp-এর model-এর পরীক্ষা নয়।

EDEN বাস্তবে কী দেখিয়েছে

এই EDEN preprint-এ সামনে এগোনোর জন্য করা কিছু পরীক্ষা আছে, তবে প্রতিটি ফল সীমিত একটি প্রশ্নের উত্তর দেয়।

পরীক্ষা

প্রকাশিত ফল

পরিধি

antimicrobial peptide

বাছাই করা ৩৩টি peptide-এর ৩২টি, ৬৪ micromolar পর্যন্ত ঘনত্বে, ব্যাকটেরিয়ার বৃদ্ধি ঠেকিয়েছে।

বাছাই করা laboratory set; ৯৭% সব model output-এর সফলতার হার নয়।

gene insertion protein

বাছাই করা ১৭৬টি recombinase-এর ৫৩.৬%-এ তাৎপর্যপূর্ণ সক্রিয়তা দেখা গেছে।

নয়টি স্বাভাবিক protein থেকে নেওয়া prompt ব্যবহার করে cell-free biochemical assay।

মানবের প্রাথমিক T cell

বাছাই করা PRT075-ভিত্তিক recombinase-এর ২০টির মধ্যে ১০টি খালি cargo control-এর তুলনায় CD19 CAR payload প্রবেশ করিয়েছে।

দাতার কাছ থেকে নেওয়া কোষ; specificity নিয়ে আরও অনুসন্ধান বাকি।

mouse study

Basecamp-এর প্রতিবেদন অনুযায়ী, পুনরাবৃত্ত ধাপে optimization ছাড়াই একটি peptide শেষ বিকল্প হিসেবে ব্যবহৃত antibiotic-এর সমতুল্য ফল দিয়েছে।

প্রাণীর ওপর পরীক্ষার বিষয়ে কোম্পানির আলাদা বিবরণ।

peptide নিয়ে গবেষণায় এখনও stability, toxicity ও pharmacokinetic পরীক্ষা দরকার। এই পরীক্ষাগুলো clinical safety বা কার্যকারিতা প্রতিষ্ঠা করে না।

clinical পর্যায়ে যেতে এখনও অনেক পথ

কোম্পানির বর্তমান connector দিয়ে গবেষকেরা EDEN ব্যবহার করে antimicrobial peptide তৈরি এবং vaccine target অগ্রাধিকার নির্ধারণ করতে পারেন। tool-টিকে research use-এর জন্য চিহ্নিত করা হয়েছে।

The Decoder-এর পূর্ণ প্রতিবেদন বলছে, ২০২৬ সালের সেপ্টেম্বর পর্যন্ত Basecamp-এর প্রকাশিত ছয়টি program-এর একটিও lead optimization শেষ করে পরের ধাপে যায়নি। চারটি ওই পর্যায়ে ছিল—এর মধ্যে in-body CAR-T program, liver gene therapy এবং antimicrobial peptide আছে; বাকি দুটি research-এ ছিল।

Basecamp-এর অর্থায়ন ঘোষণায় বলা হয়েছে, নতুন মূলধন EDEN-এর পরবর্তী সংস্করণে সহায়তা করবে এবং pipeline-কে clinical development-এর দিকে এগিয়ে নেবে; শুরু হবে in-body cell therapy দিয়ে। ২৩ সেপ্টেম্বরের একটি ClinicalTrials.gov অনুসন্ধানে sponsor-এর নাম “Basecamp Research” দিয়ে কোনো study পাওয়া যায়নি। অন্য sponsor-এর নামে নিবন্ধিত study এতে নাও দেখা যেতে পারে।