Basecamp Research привлекла $140 млн, чтобы расширить биологические модели EDEN и приблизить разработку терапии к клинической стадии. Компания утверждает, что созданный на основе отбора проб окружающей среды собственный корпус данных предоставляет моделям биологическую информацию, которой нет в общедоступных базах последовательностей.

В качестве подтверждений компания приводит собственные лабораторные эксперименты и отдельно описанное исследование на мышах. Опубликованные терапевтические программы остаются на исследовательской стадии и стадии оптимизации кандидатов.

Главное изменение

  • Что изменилось: Компания, разрабатывающая биологические модели, объединила полевые сборы образцов по всему миру, геномный контекст и обучение моделей в единую цепочку поставки собственных данных, а затем проверила созданные белки в лаборатории.
  • Почему это важно: Обучающие данные создают коммерческие отношения с поставщиками данных о биоразнообразии ещё до того, как препарат попадёт к пациентам. Basecamp сообщает, что её соглашения предусматривают роялти при использовании данных, поэтому партнёры по сбору образцов могут получать выплаты уже во время разработки моделей.
  • За чем следить: Нужно следить за тем, приведут ли независимо воспроизведённые результаты к продвижению разработок на следующие стадии и повлечёт ли более широкое использование моделей увеличение выплат партнёрам по сбору данных. Это отдельные проверки терапевтического прогресса и модели работы с данными.

BaseData добавляет контекст, а не только последовательности

Общедоступные репозитории незаменимы, но их содержимое отражает выбор исследователей: какие организмы секвенировать. В препринте BaseData говорится, что пять видов обеспечили 68% объёма последовательностей в Sequence Read Archive. По состоянию на конец 2024 года компания сообщала о 9,8 млрд новых генов и более чем одном миллионе видов, отсутствовавших в базах, с которыми проводилось сравнение. Данные были собраны благодаря партнёрствам в 26 странах и автономных регионах.

Basecamp также сохраняет информацию о соседних генах, условиях на месте и происхождении образцов, благодаря чему модели получают сведения о биологическом контексте. К концу 2024 года, по данным компании, выплаты получили 52 бенефициара в 19 странах.

BaseData — собственная база компании. Обучающий корпус EDEN вырос по сравнению с этим срезом конца 2024 года: в препринте говорится уже более чем о 10 млрд генов. Оба исследования представлены в препринтах под руководством компании.

Общедоступные данные тоже расширяются. Атлас Dayhoff Microsoft объединил геномные и метагеномные источники в открытый набор из 3,34 млрд белковых последовательностей. В контролируемом сравнении модель с 170 млн параметров, обученная на более широком наборе, смогла экспрессировать 34,5% созданных белков в E. coli, тогда как у версии, обученной на UniRef90, этот показатель составил 27,6%. Это отдельный эксперимент с набором данных, а не проверка моделей Basecamp.

Что EDEN действительно показала

В препринте EDEN описаны перспективные эксперименты, но каждый результат отвечает на узкий вопрос.

Эксперимент

Заявленный результат

Область применимости

Антимикробные пептиды

32 из 33 отобранных пептидов подавляли рост бактерий при концентрациях до 64 микромоль.

Отдельная лабораторная выборка; 97% — не доля успешных результатов среди всех выходов модели.

Белки для вставки генов

У 53,6% из 176 отобранных рекомбиназ выявлена значимая активность.

Биохимический анализ без клеток; запросы составлены по девяти природным белкам.

Первичные Т-клетки человека

Десять из 20 отобранных рекомбиназ на основе PRT075 вставили груз CAR для CD19 чаще, чем контроль с пустым грузом.

Клетки от доноров; специфичность ещё предстоит изучить.

Исследование на мышах

Basecamp сообщает, что один пептид соответствовал антибиотику последней линии без итеративной оптимизации.

Отдельное описание эксперимента на животных, опубликованное компанией.

Для пептидных препаратов ещё требуются исследования стабильности, токсичности и фармакокинетики. Эти эксперименты не доказывают клиническую безопасность или эффективность.

До клинических испытаний ещё далеко

Текущий коннектор компании позволяет исследователям использовать EDEN для создания антимикробных пептидов и приоритизации мишеней для вакцин. Инструмент предназначен для исследовательского использования.

В полном обзоре The Decoder установлено, что к сентябрю 2026 года ни одна из шести раскрытых программ Basecamp не прошла оптимизацию кандидата. Четыре программы находились на этом этапе, среди них — CAR-T-терапии in vivo, генная терапия печени и антимикробные пептиды; две оставались на исследовательской стадии.

В объявлении о финансировании Basecamp сообщает, что направит новый капитал на следующее поколение EDEN и продвижение своей линейки к клинической разработке, начав с клеточной терапии in vivo. Поиск в ClinicalTrials.gov от 23 сентября не обнаружил исследований, зарегистрированных на спонсора “Basecamp Research”; записи под другими спонсорами могли не попасть в результаты.