Basecamp Research prikupio je 140 miliona dolara za proširenje svojih bioloških modela EDEN i približavanje terapijskog programa kliničkom razvoju. Kompanija navodi da vlasnički skup podataka prikupljen uzorkovanjem iz životne sredine pruža modelima biološke informacije koje nedostaju u javnim bazama sekvenci.
Dokazi obuhvataju laboratorijske eksperimente koje je sprovela kompanija i zasebno opisanu studiju na miševima. Objavljeni program terapija i dalje je u fazi istraživanja i optimizacije vodećih kandidata.
Najvažnija promena
- Šta se menja: Kompanija koja razvija biološke modele objedinila je terensko uzorkovanje širom sveta, genomski kontekst i obuku modela u jedan vlasnički lanac snabdevanja podacima, a zatim testirala proteine koje su modeli generisali u laboratoriji.
- Zašto je važno: Podaci za obuku stvaraju poslovnu vezu sa partnerima koji obezbeđuju biološku raznovrsnost još pre nego što lek stigne do pacijenata. Basecamp navodi da ugovori predviđaju tantijeme kada se podaci koriste, pa partneri koji prikupljaju uzorke mogu da budu plaćeni već tokom razvoja modela.
- Na šta obratiti pažnju: Pratite da li nezavisno ponovljeni rezultati dovode do napretka u razvoju i da li šira upotreba modela donosi veće isplate partnerima koji prikupljaju uzorke. To su odvojene provere napretka terapija i poslovanja sa podacima.
BaseData pruža kontekst, ne samo sekvence
Javna spremišta su neophodna, ali odražavaju ono što su istraživači odlučili da sekvenciraju. Preprint kompanije Basecamp o skupu podataka BaseData navodi da je pet vrsta činilo 68% obima sekvenci u bazi Sequence Read Archive. Prema podacima koje je kompanija objavila krajem 2024, pronađeno je 9,8 milijardi novih gena i više od milion vrsta kojih nema u uporednim bazama. Podaci su prikupljeni kroz partnerstva u 26 zemalja i autonomnih oblasti.
Basecamp čuva i podatke o susednim genima, uslovima na lokaciji i poreklu uzoraka, kako bi modeli imali informacije o biološkom kontekstu. Kompanija navodi da je do kraja 2024. isplatila naknade za 52 primaoca u 19 zemalja.
BaseData je vlasnički skup podataka. Korpus za obuku EDEN-a od tada je premašio stanje zabeleženo krajem 2024: preprint navodi više od 10 milijardi gena. Autori oba rada povezani su sa kompanijom, a radovi su preprinti.
Menjaju se i javni podaci. Microsoftov Dayhoff Atlas objedinio je genomske i metagenomske izvore u otvoreni skup od 3,34 milijarde proteinskih sekvenci. U kontrolisanom poređenju, model sa 170 miliona parametara, obučen na tom širem skupu, omogućio je ekspresiju 34,5% generisanih proteina u bakteriji E. coli, u poređenju sa 27,6% za verziju obučenu na skupu UniRef90. To je zaseban eksperiment sa skupom podataka, a ne test Basecampovih modela.
Šta je EDEN zaista pokazao
Preprint o sistemu EDEN obuhvata prospektivne eksperimente, ali svaki odgovara na usko pitanje.
Eksperiment | Prijavljeni rezultat | Opseg |
|---|---|---|
Antimikrobni peptidi | Od 33 odabrana peptida, 32 su inhibirala rast bakterija pri koncentracijama do 64 mikromola. | Odabrani laboratorijski skup; 97% nije stopa uspeha svih rezultata modela. |
Proteini za umetanje gena | Značajnu aktivnost pokazalo je 53,6% od 176 odabranih rekombinaza. | Biohemijski test bez ćelija, sa promptovima zasnovanim na devet izvornih proteina. |
Primarne ljudske T-ćelije | Deset od 20 odabranih rekombinaza zasnovanih na PRT075 umetnulo je CD19 CAR segment iznad kontrole bez umetnutog tereta. | Ćelije dobijene od donora; specifičnost tek treba dodatno ispitati. |
Studija na miševima | Basecamp navodi da je jedan peptid dostigao dejstvo antibiotika poslednje linije bez ponavljane optimizacije. | Zaseban prikaz kompanije o eksperimentu na životinjama. |
Za peptide su i dalje potrebna ispitivanja stabilnosti, toksičnosti i farmakokinetike. Ovi eksperimenti ne dokazuju kliničku bezbednost ni delotvornost.
Do kliničke primene još je dug put
Aktuelni povezani alat kompanije omogućava istraživačima da koriste EDEN za generisanje antimikrobnih peptida i određivanje prioriteta među ciljevima vakcina. Označen je kao alat namenjen istraživanju.
Opširan izveštaj sajta The Decoder utvrdio je da nijedan od šest javno opisanih programa kompanije Basecamp do septembra 2026. nije prošao optimizaciju vodećih kandidata. Četiri su bila u toj fazi, uključujući programe CAR-T terapije u organizmu, genske terapije za jetru i antimikrobnih peptida; dva su još bila u fazi istraživanja.
U saopštenju o finansiranju kompanija Basecamp navodi da će novi kapital podržati sledeću generaciju sistema EDEN i približiti njen program kliničkom razvoju, počevši od ćelijske terapije u organizmu. Provera na sajtu ClinicalTrials.gov sprovedena 23. septembra nije pronašla studiju pod imenom sponzora „Basecamp Research“. Studije registrovane pod imenima drugih sponzora ne bi se nužno pojavile u toj pretrazi.
