Anthropic afirma que Claude identificó en el ADN de un bacteriófago una disposición que había pasado inadvertida: un gen de transcriptasa inversa junto a un gen asociado y una larga matriz de repeticiones. Los bacteriófagos son virus que infectan bacterias; las transcriptasas inversas son enzimas que copian ARN en ADN. La empresa denomina a la familia propuesta transcriptasas inversas asociadas a matrices, o ART. Su anuncio del 23 de septiembre compara el patrón de repeticiones con el CRISPR, el sistema bacteriano que está detrás de herramientas de edición genética muy utilizadas.

La comparación describe la forma de la secuencia genética. El preprint de investigación presenta pruebas de que la matriz produce ARN cortos, pero señala que el equipo aún no ha demostrado que la transcriptasa inversa ART esté activa, que utilice esos ARN ni qué función cumple el sistema en el fago. No se ha comunicado ninguna demostración de edición programable.

El gran cambio

  • Qué cambió: En este estudio dirigido por la empresa, agentes de IA que realizaban una búsqueda extensa de secuencias detectaron un patrón de ADN fuera de las características proteicas que debían examinar. Después, investigadores humanos estudiaron el candidato y midieron su producción de ARN.
  • Por qué importa: Los investigadores que rastrean enormes bases de datos genómicas podrían utilizar agentes para encontrar disposiciones inusuales que luego se estudien en el laboratorio. Aquí, esa contribución es una pista de investigación respaldada por algunos experimentos, mientras que la actividad de la enzima y su función biológica siguen sin resolverse.
  • Qué observar: Los próximos resultados decisivos deberán aclarar si la proteína actúa como transcriptasa inversa, si los ARN cortos son sus sustratos y cómo participa la proteína asociada. Esas pruebas determinarán qué hace ART antes de poder evaluar cualquier posible aplicación de edición genética.

Qué encontró Claude en la secuencia

El preprint de Peter Yoon y sus colegas de Anthropic describe una búsqueda en alrededor de 1.900 millones de grupos de proteínas. Agentes que ejecutaban Claude Mythos 5 recuperaron unos 200.000 grupos de transcriptasas inversas e investigaron genes candidatos cercanos. Según los autores, la búsqueda duró 21,5 horas y abarcó 949 sesiones de agentes. Los científicos definieron el objetivo de investigación; los agentes realizaron la búsqueda computacional y entregaron informes para su revisión.

Un agente siguió una pista inesperada en el ADN junto a una transcriptasa inversa de un fago. Detectó una serie de secuencias repetidas separadas por segmentos distintos, examinó el espaciado y comparó la disposición con sistemas conocidos. La transcriptasa inversa ya había aparecido en trabajos anteriores. El descubrimiento que se reivindica es la combinación de esa proteína con la matriz de repeticiones y un gen asociado cercano, cuya función también se desconoce.

Los investigadores encontraron 95 grupos de transcriptasas inversas relacionadas y detectaron matrices junto a 28 de ellas. Las repeticiones se parecen a una característica visible de las matrices CRISPR; sin embargo, el artículo no informa de genes cas cercanos y describe diferencias en el espaciado y la conservación de las secuencias intermedias. Por tanto, el parecido de secuencia es una pista que investigar, no una prueba de que ART utilice el mecanismo CRISPR.

Qué demuestran los experimentos

Los investigadores volvieron a analizar datos de ARN de un estudio de 2022 sobre la infección por el fago SA1. En su análisis, la matriz ART se transcribió durante la infección y produjo especies de ARN más cortas. También informan de ARN cortos derivados de la matriz en otro experimento de expresión en laboratorio. Estas observaciones respaldan la existencia de distintos ARN producidos por la matriz.

No demuestran los pasos siguientes del mecanismo propuesto. En la discusión del preprint, los autores dicen explícitamente que no han demostrado la actividad de la transcriptasa inversa ni que los ARN de la matriz sean sus sustratos. También dejan sin resolver la interacción con la proteína asociada y la función del sistema en el fago. El modelo parecido a un retrón que propone el artículo es una hipótesis. Aún no permite afirmar que ART corte ni edite una secuencia de ADN elegida.

Anthropic publicó un comentario del investigador de CRISPR Feng Zhang, quien revisó el preprint y calificó de interesantes las matrices de repeticiones de ARN asociadas a transcriptasas inversas. Su conclusión expresa fue que merecen seguir investigándose. No se trataba de un informe de replicación independiente ni de una conclusión de que ART sea una herramienta de edición genética.

Una pista de descubrimiento con límites de reproducibilidad

El artículo también pone a prueba la propia búsqueda con IA. En diez repeticiones de la búsqueda amplia que describen los autores, los agentes no detectaron la matriz. En pruebas más acotadas, en las que se proporcionó directamente al modelo el ADN pertinente, los modelos más potentes la identificaron con mucha más frecuencia. Cuando la secuencia estaba en archivos a los que se accedía mediante herramientas, algunos intentos no llegaron a leer suficiente ADN para revelar el patrón. La distinción importa: el modelo podía reconocer la característica cuando se encontraba con ella, pero la búsqueda completa no conseguía dirigirlo de forma fiable a la secuencia adecuada.

El preprint dirigido por la empresa ofrece a otros investigadores una disposición de secuencia concreta y observaciones de ARN que pueden cuestionar y ampliar. Las fuentes revisadas para este artículo no comunicaban ninguna replicación independiente al 23 de septiembre. ART sigue siendo un sistema candidato cuya función no se ha determinado.