Ayon sa Anthropic, natukoy ni Claude ang ayos sa DNA ng bacteriophage na hindi napansin noon: gene ng reverse transcriptase sa tabi ng kasamang gene at mahabang hanay ng mga pag-uulit. Mga virus na dumadapo sa bakterya ang mga bacteriophage; mga enzyme naman ang reverse transcriptase na kumokopya ng RNA tungo sa DNA. Tinawag ng kumpanya na ART, o array-associated reverse transcriptases, ang iminungkahing pamilya. Inihahambing sa anunsiyo noong Setyembre 23 ang padron ng pag-uulit sa CRISPR, ang sistemang matatagpuan sa bakterya na pinagmulan ng malawakang ginagamit na mga tool sa pag-edit ng gene.

Inilalarawan ng paghahambing ang hugis ng pagkakasunod-sunod ng henetiko. Iniulat sa paunang saliksik ng Anthropic ang ebidensiyang lumilikha ng maiikling RNA ang hanay, pero sinasabi ng pangkat na hindi pa nito naipakikitang aktibo ang ART reverse transcriptase, ginagamit nito ang mga RNA na iyon o naipapaliwanag ang silbi ng sistema para sa phage. Wala pang iniulat na demonstrasyon ng napoprogramang pag-edit.

Ang malaking pagbabago

  • Ano ang nagbago: Sa pag-aaral na pinangunahan ng kumpanya, napansin ng mga ahente ng AI na nagsuri ng malawak na hanay ng mga pagkakasunod-sunod ang padron ng DNA sa labas ng mga katangian ng protinang inatasan silang suriin. Saka siniyasat ng mga mananaliksik na tao ang napiling kandidato at sinukat ang nalikhang RNA nito.
  • Bakit ito mahalaga: Maaaring makatulong ang mga ahente sa mga mananaliksik na naghahanap sa malalawak na database ng genome sa pagtukoy ng di-karaniwang mga ayos na maaari pang siyasatin sa laboratoryo. Dito, paunang direksiyon sa pananaliksik ang ambag ng AI na may ilang suportang eksperimental, habang nananatiling bukas na tanong ang gawain at biyolohikal na papel ng enzyme.
  • Ano ang dapat bantayan: Mahahalagang susunod na resulta ang kung kumikilos ba ang protina bilang reverse transcriptase, kung substrate nito ang maiikling RNA at kung paano nakikilahok ang kasamang protina. Tutukuyin ng mga pagsubok na iyon ang gawain ng ART bago masuri ang anumang pahayag tungkol sa gamit nito sa pag-edit.

Ano ang nakita ni Claude sa pagkakasunod-sunod

Inilalarawan sa paunang saliksik nina Peter Yoon at mga kasamahan sa Anthropic ang paghahanap sa humigit-kumulang 1.9 bilyong kumpol ng protina. Nakakuha ang mga ahenteng nagpapatakbo ng Claude Mythos 5 ng humigit-kumulang 200,000 kumpol ng reverse transcriptase at sinuri ang mga kandidatong gene sa malapit. Tumakbo nang 21.5 oras ang pangangampanya sa 949 sesyon ng ahente, ayon sa mga may-akda. Mga siyentipikong tao ang nagtakda ng layunin sa pananaliksik; isinagawa ng mga ahente ang paghahanap sa kompyuter at nagsumite ng mga ulat para suriin.

Sinundan ng isang ahente ang di-inaasahang bakas sa DNA sa tabi ng reverse transcriptase ng phage. Napansin nito ang sunod-sunod na inuulit na mga pagkakasunod-sunod na pinaghihiwalay ng magkakaibang bahagi, sinuri ang pagitan ng mga iyon at inihambing ang ayos sa mga kilalang sistema. Natalakay na sa naunang gawain ang mismong reverse transcriptase. Ang natuklasang ipinapahayag ng mga may-akda ay ang kombinasyon ng protinang iyon, hanay ng mga pag-uulit at kalapit na kasamang gene, na hindi rin pa alam ang gawain.

Nakakita ang mga mananaliksik ng 95 magkakaugnay na kumpol ng reverse transcriptase, at may nakikitang hanay ng mga pag-uulit sa tabi ng 28 sa mga ito. Kahawig ng isang nakikitang katangian ng mga hanay ng CRISPR ang mga pag-uulit, pero walang iniulat sa artikulo na kalapit na mga cas gene at inilalarawan nito ang pagkakaiba sa pagitan at pagkakatulad ng mga bahaging nasa pagitan ng mga sequence. Kaya palatandaang dapat siyasatin ang pagkakahawig ng mga sequence, hindi ebidensiyang ginagamit ng ART ang mekanismo ng CRISPR.

Ano ang pinatutunayan ng mga eksperimento

Muling sinuri ng mga mananaliksik ang datos ng RNA mula sa pag-aaral noong 2022 tungkol sa impeksiyon ng phage SA1. Sa pagsusuri nila, naisalin sa RNA ang hanay ng ART habang may impeksiyon at nakalikha ito ng mas maiikling anyo ng RNA. Iniulat din nila sa hiwalay na eksperimento sa laboratoryo ng pagpapahayag na may maiikling RNA na nagmula sa hanay. Sinusuportahan ng mga obserbasyong ito ang pag-iral ng magkakaibang RNA mula sa hanay.

Hindi nito pinatutunayan ang mga susunod na hakbang sa iminungkahing mekanismo. Tahasang sinasabi ng mga may-akda sa talakayan ng paunang saliksik na hindi pa nila naipakikita ang aktibidad ng reverse transcriptase o na substrate nito ang mga RNA mula sa hanay. Hindi rin nila nalulutas ang ugnayan nito sa kasamang protina o ang papel ng sistema sa phage. Palagay pa lamang ang modelong kahawig ng retron na inilalahad sa artikulo. Hindi pa ito batayan para sabihing pumuputol o nag-eedit ang ART sa piniling puntirya ng DNA.

Naglimbag ang Anthropic ng komento ng mananaliksik sa CRISPR na si Feng Zhang, na sumuri sa paunang saliksik at nagsabing nakakaintriga ang mga hanay ng RNA at pag-uulit na kaugnay ng reverse transcriptase. Ang kongklusyong sinabi niya ay nararapat pang siyasatin ang mga ito. Hindi iyon ulat ng hiwalay na pag-uulit ng eksperimento o natuklasang tool sa pag-edit ng gene ang ART.

Paunang direksiyon sa pagtuklas na may limitasyon sa pag-uulit

Sinusubok din sa artikulo ang paghahanap na ginawa ng AI. Sa sampung ulit na muling pagsagawa ng malawak na pangangampanya, ayon sa mga may-akda, hindi nakita ng mga ahente ang hanay. Mas madalas naman itong natukoy ng mas mahuhusay na modelo sa mas makikitid na pagsubok kung saan tuwirang inilagay sa konteksto ng modelo ang kaugnay na DNA. Kapag nasa mga file na kailangang buksan sa pamamagitan ng tool ang sequence, may mga pagtatangkang hindi nakabasa ng sapat na DNA para makita ang padron. Mahalaga ang pagkakaibang ito: nakilala ng modelo ang katangian kapag nasalubong nito, pero hindi maaasahang naihatid ng buong paghahanap ang tamang sequence sa atensiyon nito.

Nagbibigay ang paunang saliksik na pinangunahan ng kumpanya sa ibang mananaliksik ng tiyak na ayos ng sequence at mga obserbasyon sa RNA na maaari nilang kuwestiyunin at palawakin. Walang iniulat sa mga sangguniang sinuri para sa artikulong ito na hiwalay na pag-uulit ng eksperimento pagsapit ng Setyembre 23. Kandidatong sistema pa rin ang ART na hindi pa alam ang gawain.