Anthropic affirme que Claude a repéré dans l’ADN de bactériophages une organisation passée inaperçue : un gène de transcriptase inverse voisin d’un gène partenaire et d’un long réseau de séquences répétées. Les bactériophages sont des virus qui infectent les bactéries ; les transcriptases inverses sont des enzymes qui copient l’ARN en ADN. L’entreprise appelle cette famille proposée « transcriptases inverses associées à des réseaux répétés », ou ART. Son annonce du 23 septembre compare ce motif répétitif à CRISPR, le système bactérien à l’origine d’outils de modification génétique largement utilisés.

Cette comparaison porte sur la forme de la séquence génétique. Le préprint de recherche d’Anthropic présente des indices selon lesquels le réseau produit de courts ARN, mais précise que l’équipe n’a pas encore montré que la transcriptase inverse ART est active, qu’elle utilise ces ARN, ni quelle est la fonction du système pour le phage. Aucune démonstration d’édition génétique programmable n’est rapportée.

Le grand changement

  • Ce qui a changé : Dans cette étude menée par l’entreprise, des agents d’IA ont repéré, au cours d’une vaste recherche de séquences, un motif d’ADN qui ne faisait pas partie des caractéristiques protéiques qu’ils devaient examiner. Des chercheurs ont ensuite étudié le candidat et mesuré sa production d’ARN.
  • Pourquoi c’est important : Les chercheurs qui explorent d’immenses bases de données génomiques pourraient utiliser des agents pour faire remonter des organisations inhabituelles à examiner en laboratoire. Ici, leur contribution constitue une piste de recherche étayée par quelques expériences, tandis que l’activité de l’enzyme et son rôle biologique restent à établir.
  • À suivre : Les résultats décisifs devront déterminer si la protéine agit comme une transcriptase inverse, si les courts ARN en sont les substrats et comment intervient la protéine partenaire. Ces tests permettront de comprendre la fonction d’ART avant de pouvoir évaluer toute affirmation concernant une application d’édition génétique.

Ce que Claude a trouvé dans la séquence

Le préprint de Peter Yoon et de ses collègues d’Anthropic décrit une recherche portant sur environ 1,9 milliard de groupes de protéines. Des agents exécutant Claude Mythos 5 ont retrouvé environ 200 000 groupes de transcriptases inverses, puis étudié des gènes candidats situés à proximité. Selon les auteurs, la campagne a duré 21,5 heures et mobilisé 949 sessions d’agents. Les scientifiques ont défini le sujet de recherche ; les agents ont mené la recherche informatique et transmis des rapports pour examen.

Un agent a suivi une piste inattendue dans l’ADN voisin d’une transcriptase inverse de phage. Il a repéré une série de séquences répétées séparées par des segments distincts, examiné leur espacement et comparé cette organisation à des systèmes connus. La transcriptase inverse elle-même avait déjà été étudiée. La découverte revendiquée porte sur l’association de cette protéine avec le réseau répétitif et un gène partenaire voisin, dont la fonction est également inconnue.

Les chercheurs ont trouvé 95 groupes apparentés de transcriptases inverses, dont 28 étaient associés à des réseaux détectables. Les répétitions ressemblent à un élément visible des réseaux CRISPR, mais l’article ne rapporte aucun gène cas voisin et décrit des différences dans l’espacement et la conservation des séquences intercalaires. Cette ressemblance est donc une piste à examiner, et non la preuve qu’ART fonctionne selon le même mécanisme que CRISPR.

Ce que les expériences établissent

Les chercheurs ont réanalysé les données d’ARN d’une étude de 2022 sur l’infection par le phage SA1. Selon leur analyse, le réseau ART est transcrit pendant l’infection et produit des ARN plus courts. Ils rapportent également de courts ARN issus du réseau dans une expérience distincte d’expression en laboratoire. Ces observations appuient l’existence de différents ARN produits par le réseau.

Elles n’établissent toutefois pas les étapes suivantes du mécanisme proposé. Dans la discussion du préprint, les auteurs précisent explicitement qu’ils n’ont démontré ni l’activité de la transcriptase inverse ni le fait que les ARN du réseau en soient les substrats. Ils laissent également en suspens l’interaction avec la protéine partenaire et le rôle du système chez le phage. Le modèle apparenté aux rétrons présenté dans l’article reste une hypothèse. Il ne permet pas d’affirmer qu’ART coupe ou modifie une séquence d’ADN ciblée.

Anthropic a publié un commentaire de Feng Zhang, chercheur en CRISPR, qui a examiné le préprint et qualifié d’intrigants les réseaux d’ARN répétitifs associés aux transcriptases inverses. Il a conclu qu’ils méritaient d’être étudiés plus avant. Son commentaire ne constitue ni un compte rendu de réplication indépendante ni la conclusion qu’ART est un outil de modification génétique.

Une piste de découverte dont la reproductibilité reste limitée

L’article évalue également la recherche menée par l’IA. Selon les auteurs, lors de dix nouvelles exécutions de la campagne générale, les agents n’ont pas repéré le réseau. Lors de tests plus ciblés, où l’ADN pertinent était directement placé dans le contexte du modèle, les modèles les plus performants l’ont détecté beaucoup plus souvent. Quand la séquence se trouvait dans des fichiers accessibles par des outils, certaines tentatives n’ont jamais lu suffisamment d’ADN pour faire apparaître le motif. La distinction est importante : le modèle pouvait reconnaître cette caractéristique lorsqu’il la rencontrait, mais la recherche complète ne lui présentait pas de façon fiable la bonne séquence.

Le préprint de l’entreprise fournit à d’autres chercheurs une organisation précise de séquences ainsi que des observations sur l’ARN qu’ils pourront contester et approfondir. Au 23 septembre, les sources examinées pour cet article ne faisaient état d’aucune réplication indépendante. ART reste un système candidat dont la fonction n’est pas déterminée.