Anthropic каже да је Claude идентификовао раније непримећен распоред у ДНК бактериофага: ген за реверзну транскриптазу поред гена партнера и дугог низа понављања. Бактериофаги су вируси који нападају бактерије; реверзне транскриптазе су ензими који копирају РНК у ДНК. Компанија предложену породицу назива реверзним транскриптазама повезаним са низовима, скраћено ART. У најави од 23. септембра образац понављања пореди се са системом CRISPR, који је основа широко коришћених алата за уређивање гена.

Поређење описује облик генетичког низа. У предштампаном научном раду наводе се докази да низ производи кратке молекуле РНК, али и да тим још није показао да је ART реверзна транскриптаза активна, да користи те молекуле РНК или која је улога система у фагу. Није приказано програмабилно уређивање гена.

Велика промена

  • Шта се променило: У овој студији коју је водила компанија, AI агенти су током претраге великог скупа секвенци уочили образац ДНК изван особина протеина које је требало да испитају. Истраживачи су затим проучили кандидата и измерили његову производњу РНК.
  • Зашто је важно: Истраживачи који претражују огромне геномске базе могли би да користе агенте за проналажење необичних распореда које би затим испитали у лабораторији. Овде је допринос почетни истраживачки траг са извесном експерименталном подршком, док активност ензима и биолошка улога система остају отворена питања.
  • Шта треба пратити: Кључни наредни резултати утврдиће да ли протеин делује као реверзна транскриптаза, да ли су кратки молекули РНК њени супстрати и какву улогу има протеин-партнер. Ти тестови треба да утврде шта ART ради пре него што се процене тврдње о примени у уређивању гена.

Шта је Claude пронашао у секвенци

У предштампаном раду Питера Јуна и сарадника из Anthropic-а описује се претрага око 1,9 милијарди протеинских кластера. Агенти који су користили Claude Mythos 5 пронашли су око 200.000 кластера реверзних транскриптаза и испитивали гене кандидате у њиховој близини. Према ауторима, претрага је трајала 21,5 сат и обухватила 949 сесија агената. Научници су задали истраживачки задатак, а агенти су спроводили рачунарску претрагу и слали извештаје на проверу.

Један агент пратио је неочекивани траг у ДНК поред фагове реверзне транскриптазе. Уочио је низ понављајућих секвенци раздвојених различитим сегментима, проучио размаке међу њима и упоредио распоред са познатим системима. Сама реверзна транскриптаза била је описана и у ранијим радовима. Наводно откриће јесте њено спајање са низом понављања и оближњим геном-партнером, чија функција такође није позната.

Истраживачи су пронашли 95 сродних кластера реверзних транскриптаза, а поред 28 њих открили су низове који се могу препознати. Понављања личе на једно видљиво обележје низова CRISPR-а, али у раду се наводи да у близини нема cas гена и описују се разлике у размацима и очуваности секвенци између понављања. Сличност секвенци зато је траг за даље проучавање, а не доказ да ART користи механизам CRISPR-а.

Шта експерименти потврђују

Истраживачи су поново анализирали податке о РНК из студије инфекције фагом SA1 из 2022.. Према њиховој анализи, низ ART се преписивао током инфекције и производио краће молекуле РНК. Наводе и кратке молекуле РНК изведене из низа у засебном лабораторијском експерименту експресије гена. Та запажања подржавају постојање различитих молекула РНК које производи тај низ.

Она не утврђују наредне кораке предложеног механизма. У расправи предштампаног рада аутори изричито наводе да нису показали активност реверзне транскриптазе нити да су молекули РНК из низа њени супстрати. Нису разјаснили ни интеракцију са протеином-партнером ни улогу система у фагу. Модел налик ретрону у раду је хипотеза. Он још не оправдава тврдњу да ART сече или уређује изабрану ДНК мету.

Anthropic је објавио коментар истраживача CRISPR-а Фенга Џанга, који је прегледао предштампани рад и назвао занимљивим низове РНК-понављања повезане са реверзним транскриптазама. Његов наведени закључак био је да заслужују даље проучавање. То није ни извештај о независном понављању експеримента ни налаз да је ART алат за уређивање гена.

Почетни траг открића и ограничења поновљивости

У раду се испитује и сама AI претрага. Према ауторима, током десет поновљених покушаја широке претраге агенти су пропустили низ. У ужим тестовима, у којима је релевантна ДНК директно унета у контекст модела, способнији модели су га откривали много чешће. Када се секвенца налазила у датотекама доступним преко алата, у неким покушајима није прочитано довољно ДНК да би се образац уочио. Разлика је важна: модел је могао да препозна обележје када би наишао на њега, али широка претрага није поуздано усмеравала пажњу на одговарајућу секвенцу.

Предштампани рад који је водила компанија даје другим истраживачима конкретан распоред секвенци и запажања о РНК која могу да провере и надограде. У изворима прегледаним за овај чланак до 23. септембра није пријављено независно понављање експеримента. ART остаје кандидат-систем чија функција није утврђена.