Anthropic 表示，Claude 在噬菌体 DNA 中发现一种此前未受关注的排列：逆转录酶基因旁有一个伴侣基因和一长串重复序列。噬菌体是感染细菌的病毒；逆转录酶是一类能将 RNA 拷贝成 DNA 的酶。公司将这个推定的基因家族称为“阵列相关逆转录酶”（ART）。其9 月 23 日公告将这种重复序列模式与 CRISPR 相比较；CRISPR 是细菌中的一套系统，也是广泛使用的基因编辑工具的基础。

这种比较描述的是基因序列的形态。Anthropic 的研究预印本报告了该阵列可产生短 RNA 的证据，但表示团队尚未证明 ART 逆转录酶具有活性、会使用这些 RNA，或该系统对噬菌体有什么作用。研究未报告可编程基因编辑演示。

重大变化

  • 变化内容：在这项由公司主导的研究中，AI 智能体在大规模序列搜索过程中注意到一种 DNA 模式，而研究人员原本要求它们检查的是蛋白质特征。随后，研究人员对这一候选发现进行了调查，并测量了其 RNA 产物。
  • 为何重要：在庞大的基因组数据库中搜索时，研究人员可利用智能体找出异常排列，再进行实验室跟进。在此案例中，智能体提供的是有部分实验支持的研究线索；该酶的活性和生物学作用仍是未解问题。
  • 关注事项：接下来最关键的结果包括：这种蛋白质是否发挥逆转录酶作用、短 RNA 是否是它的底物，以及伴侣蛋白如何参与。这些测试会先确定 ART 的功能，然后才能评估有关其基因编辑应用的说法。

Claude 在序列中发现了什么

Anthropic 的 Peter Yoon 及其同事撰写的预印本介绍了对约 19 亿个蛋白质簇的搜索。运行 Claude Mythos 5 的智能体找到约 20 万个逆转录酶簇，并调查附近发现的候选基因。据作者称，此次搜索持续 21.5 小时，包含 949 次智能体会话。人类科学家设定研究任务；智能体执行计算搜索并提交报告供审查。

一名智能体沿着一个意外线索，检查了噬菌体逆转录酶旁边的 DNA。它注意到一串由不同片段隔开的重复序列，分析了它们之间的间距，并将这种排列与已知系统进行比较。逆转录酶本身已在较早的研究中出现过。研究所称的新发现，是这种蛋白质与重复序列阵列及附近一个伴侣基因的组合；该基因的功能同样未知。

研究人员找到 95 个相关逆转录酶簇，其中 28 个旁边检测到了阵列。重复序列看起来类似 CRISPR 阵列的一项可见特征，但论文报告称附近没有cas基因，并说明其间隔片段的间距和保守性也存在差异。因此，序列相似只是值得调查的线索，并不能证明 ART 采用了 CRISPR 的机制。

实验结果证实了什么

研究人员重新分析了来自2022 年一项噬菌体 SA1 感染研究的 RNA 数据。在他们的分析中，ART 阵列在感染期间发生转录，并产生了较短的 RNA。他们还报告称，在另一项实验室表达实验中检测到了由该阵列衍生的短 RNA。这些观察结果支持阵列会产生不同 RNA 的说法。

但这些结果并未证实拟议机制的后续步骤。在预印本讨论中，作者明确表示，他们尚未证明逆转录酶具有活性，也未证明阵列 RNA 是其底物。他们也没有确定其与伴侣蛋白的相互作用以及该系统在噬菌体中的作用。论文提出的类 retron 模型仍是假说。目前还不能据此声称 ART 能切割或编辑指定的 DNA 靶点。

Anthropic 发布了 CRISPR 研究人员 Feng Zhang 的评论。他审阅了这篇预印本，并称与逆转录酶相关的 RNA 重复序列阵列颇有意思。他明确得出的结论是，这些现象值得进一步研究。这既不是独立重复验证的报告，也不代表 ART 已被证实为基因编辑工具。

发现线索，但重复验证受限

论文还测试了 AI 搜索本身。作者报告称，在对完整搜索流程进行的十次重跑中，智能体都没有找到该阵列。在将相关 DNA 直接放入模型上下文的更聚焦测试中，能力更强的模型识别出该阵列的次数要多得多。如果序列位于需要通过工具访问的文件中，一些尝试未能读取足够的 DNA 来发现这一模式。这个区别很重要：模型遇到该特征时能够识别它，但完整搜索流程并不总能将正确的序列呈现给模型。

这份由公司主导的预印本向其他研究人员提供了一个具体的序列排列模式及 RNA 观察结果，供他们检验和扩展。截至 9 月 23 日，本文查阅的来源没有报告独立重复验证。ART 仍是一套候选系统，其功能尚未确定。