Anthropic 表示，Claude 在噬菌體 DNA 中發現一種先前未受注意的排列：反轉錄酶基因旁有一個夥伴基因，附近還有一長段重複序列。噬菌體是感染細菌的病毒；反轉錄酶則是能將 RNA 複製成 DNA 的酵素。該公司將這個推測中的家族稱為「陣列相關反轉錄酶」（ART）。其9 月 23 日公告將重複序列模式比作 CRISPR；CRISPR 是細菌中廣泛應用於基因編輯工具的系統。

這項比較描述的是基因序列的形態。Anthropic 的研究預印本提出證據，顯示該序列陣列會產生短 RNA；但也指出，團隊尚未證明 ART 反轉錄酶具有活性、會使用這些 RNA，或此系統對噬菌體有何作用。研究未報告可依指令進行的基因編輯示範。

重大變化

  • 有哪些變化：在這項由公司主導的研究中，AI 代理程式透過大型序列搜尋，注意到一種不在原定蛋白質特徵搜尋範圍內的 DNA 排列。之後由人類研究人員調查這項候選發現，並測量其 RNA 產物。
  • 為何重要：搜尋大型基因組資料庫的研究人員，或可利用代理程式找出異常排列，再交由實驗室追查。在此案例中，AI 提供的是有部分實驗證據支持的研究線索；酵素活性及生物功能仍待釐清。
  • 後續觀察重點：接下來的關鍵結果包括：該蛋白質是否具有反轉錄酶活性、短 RNA 是否為其基質，以及它如何與夥伴蛋白質互動。這些測試將先確認 ART 的功能，之後才能評估任何基因編輯應用主張。

Claude 在序列中發現了什麼

Anthropic 的 Peter Yoon 等人所作的預印本描述一項涵蓋約 19 億個蛋白質叢集的搜尋。使用 Claude Mythos 5 的代理程式找出約 20 萬個反轉錄酶叢集，並調查附近發現的候選基因。作者表示，搜尋過程歷時 21.5 小時，包含 949 個代理程式工作階段。人類科學家設定研究任務；代理程式執行運算搜尋，並提交報告供審查。

其中一個代理程式沿著一條意外線索，追查噬菌體反轉錄酶旁的 DNA。它發現一連串由不同片段隔開的重複序列，檢查其間距，並與已知系統比較。反轉錄酶本身已見於先前研究。論文所稱的新發現，是該蛋白質與重複序列陣列及附近夥伴基因的組合；夥伴基因的功能也未知。

研究人員找到 95 個相關反轉錄酶叢集，其中 28 個旁邊可偵測到序列陣列。這些重複序列與 CRISPR 陣列的一項可見特徵相似，但論文指出附近沒有cas基因，且介入序列的間距與保守程度也不同。因此，序列相似只能作為進一步研究的線索，不能證明 ART 具有 CRISPR 的作用機制。

實驗結果證明了什麼

研究人員重新分析一項2022 年噬菌體 SA1 感染研究中的 RNA 資料。根據其分析，感染期間 ART 陣列會轉錄，並產生較短的 RNA 分子。他們也在另一項實驗室表現實驗中，測得來自該陣列的短 RNA。這些觀察支持該陣列會產生不同 RNA 分子的說法。

但這些結果尚未證明假設機制的後續步驟。作者在預印本討論中明確表示，他們尚未證明反轉錄酶活性，也未證明陣列 RNA 是該酵素的基質。夥伴蛋白質的作用，以及此系統對噬菌體的功能，也仍未釐清。論文提出類 retron 模型，仍屬假說。目前還不能據此聲稱 ART 會切割或編輯指定 DNA 標靶。

Anthropic 刊出 CRISPR 研究者 Feng Zhang 的評論。他審閱預印本後，稱與反轉錄酶相關的 RNA 重複序列陣列相當有趣，並表示值得進一步研究。他的評論不是獨立重現研究結果，也未認定 ART 是基因編輯工具。

作為發現線索，但重現性有限

論文也測試了 AI 搜尋本身。作者表示，在完整搜尋流程進行的十次重新執行中，代理程式都沒有找到該陣列。若在較狹窄測試中，直接將相關 DNA 放入模型的上下文，較強的模型就更常能辨識出它。若序列位於工具可存取的檔案中，有些嘗試並未讀取足夠 DNA，因此無法發現該模式。這項差異很重要：模型遇到該特徵時能辨識它，但完整搜尋並未可靠地讓模型注意到正確序列。

這份由公司主導的預印本，提出明確的序列排列與 RNA 觀察，供其他研究人員驗證或延伸。截至 9 月 23 日，本文查閱的來源未報告任何獨立重現。ART 仍是功能尚未確定的候選系統。